1、有機污染：養殖場糞污中所含有的有機物進入水體會被水中微生物降解，為微生物提供營養，因大量孽生耗盡水中溶氧，水中的有機物降解轉為厭氧腐解，使水變黑變臭。
2、微生物污染：主要是養殖場糞污中還有大量的病原微生物隨糞進水體后，以水為媒介進行傳播和擴散。
3、有毒有害物污染：主要指飼料中的抗生素、違禁藥物、礦物質及養殖場用消毒劑隨糞污排入人體后對其造成的污染。
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