首先，必須對擬處理污水水質進行檢測，如水的PH值、水中是否有抑制菌種生長的物質？常規的菌種適合的PH值為6~9，污水中含油、鹽等物質會抑制菌種的生長，必須進行預處理進行控制。
其次，投加的菌種必須適合該污水，也就是說，該菌種能分解水中的污染物。
第三，必須做好詳細的投加方案，運行狀態的投加與調試狀態的投加方法是原全不同的，投加菌種必須達到優勢菌種才能達到理想的效果。
第四，投加后必須控制進水水量、溶解氧等參數。
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