1.水中有有機污染源
凈水細菌是靠水中有機污染而存活的，如果因為水中沒有污染源存在，它們就無法長期生存。因此，在新水階段就加入細菌是否有效，是值得研討的。
2.勿與消毒殺菌藥劑同時使用
為了避免凈水細菌被殺滅，切記勿與消毒殺菌藥劑同時使用，如果必須使用殺菌藥劑或治療魚病的藥劑，需等藥物使用至少一星期以上再進行使用凈水細菌。
3.要注意調整適合細菌生長的溫度
在凈水細菌的使用過程中，能有效地控制在最適宜的水溫條件下，當然其發揮的效果也是最理想的。
4.要注意調整適合細菌生長的pH值在凈水細菌的使用過程中，必須注意水質酸堿度pH的變化。例如：淡水硝化細菌在pH值等于中性時的效果最佳，在酸性水質中效果最差，因此若能將水族箱中的水質調整至中性或弱堿性，它的凈水效果會好一些。
5.要注意細菌之間的共容性
若要同時放養不同的凈水細菌應該注意細菌之間的共容性。例如：硝化細菌和光合細菌并不適合同時放養在同一水族箱內，因為它們凈化水質的過程互有抑制作用，可能會降低其凈化效果。
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